Yaiba является ответвлением основной серии Ninja Gaiden. Игра рассказывает о ниндзя Yaiba. По истории игры он пал от руки Рю Хаябусы. Действия игры происходят после того, как некая корпорация воскресила его, заменив поврежденные органы на кибернитические импланты. Ниндзя отправился сражаться с толпами зомби, желая отомстить своему главному врагу Рю Хаябусы. Однако он полный циник и в его планы не входит спасение мира...
